O setor de ensino envolve a Direção de Ensino, Pesquisa e Extensão (DEPE) e a Coordenação Geral de Ensino (CGE) do campus.

De acordo com a Resolução nº 1/2021 Consuper, o DEPE “faz parte do organograma funcional de cada campus do Instituto Federal Catarinense, vinculado diretamente à Direção-geral. De caráter deliberativo e consultivo, dirige os processos de ensino, pesquisa e extensão, em articulação com a Direção geral, a Direção de Administração e Planejamento (DAP) e a Direção de infraestrutura e Produção (DIP), com prática efetiva de administração democrática, atendendo aos princípios da legalidade e da eticidade e em consonância com a missão prevista no PDI” (Art. 20). 

A CGE faz “parte do organograma funcional dos campi do Instituto Federal Catarinense, diretamente ligada à Direção de Ensino, Pesquisa e Extensão (DEPE) do campus. De caráter deliberativo e consultivo, atua a partir dos princípios da legalidade e da eticidade, conforme regimento geral e estatutário do Instituto Federal” (Art. 22).